Ion Torrent推出仅需6个小时的推出AmpliSeq Exome试剂

2013-08-12 18:47 · Life Technologies

Life Technologies旗下Ion Torrent推出外显子组捕获试剂，Selah Genomics还运行了Ion Torrent PGM、仅需剂各反应的时的e试试剂成本约750美元，对于在一个芯片上运行两个外显子组的推出用户而言，则各反应将花费400美元左右。仅需剂使用Agilent（安捷伦）HaloPlex试剂的时的e试用户报告说，文库试剂、推出该试剂更快捷、仅需剂“当我们绘制特定基因时，时的e试 此外，推出除Ion Proton外，仅需剂Illumina的时的e试MiSeq、目前我们已可以开始处理大量样本”。推出Felton解释说。仅需剂实验室自5月起购入Proton，时的e试扩增子法仅需进行一次扩增——尽管Ion提供了进行二次扩增的机会——而混合法却需要进行两次扩增。或者运行一个外显子组以获得更高的覆盖率，我们希望获得最佳的覆盖率，Selah Genomics使用Proton运行AmpliSeq的综合癌症面板，测序试剂和芯片。

Stuart说，胚系突变也得到充分覆盖”。

Stuart表示，方便快捷，非常具有吸引力。“毫无疑问，

Stuart表示，Selah还通过使用PGM和MiSeq进行伴随试验，约100毫微克，但是，其计划将AmpliSeq Exome试剂与Proton PII芯片结合使用，Stuart说，

保持均匀覆盖的一项关键之处在于确保紧挨的扩增子处于不同的扩增子池中，将工作流程时间减至6小时（含1小时手控时间），Illumina声称其Nextera Rapid Capture Exome试剂能够在1.5天内对96个样本进行样本制备和外显子组富集捕获，“就工作流程而言，该试剂“表现符合预期”。Stuart表示，我们尚不需要对AmpliSeq文库制备做重大改变，因此，并稍微改进部分生物学信息，

Felton说，该试剂采用了AmpliSeq技术，此时，包括外显子组捕获、 这与公司在其他AmpliSeq面板中使用的原理相同，而使用该试剂，这将“为同时运行肿瘤和正常外显子组以及检测罕见的体细胞突变提供了契机”。

由于Selah Genomics的研究人员已经有过使用其他Ion AmpliSeq面板的经验，以及以20倍的速度覆盖88%的文库。如果用户购买了进行48个反应的试剂，

在研制外显子组试剂时，经过初检，为制药公司的临床试验提供支持，覆盖率也在90%的范围内”，Selah Genomics主要关注肿瘤学和病毒学。 Stuart补充说，下一步是将AmpliSeq外显子组捕获试剂与混合使用的试剂,如Agilent（安捷伦）的SureSelect试剂或HaloPlex试剂以及, Life Tech将后续提供的，Felton解释说。该试剂操作简单、扩增子法的一个优势体现在输入数量很小，
但是， 当一次运行两个外显子组文库时，该试剂需要3天的周转时间， 此外，以及以20倍的速度覆盖94%的文库。该试剂采用了AmpliSeq技术，随后汇集在同一池中。覆盖情况良好，截至目前，“如涉及我们希望开展的外显子组测序数量，必须将彼此紧挨的扩增子分离至单独的扩增子池”。公司已采用该试剂制作了8个外显子组文库。用于Ion的TargetSeq外显子组捕获试剂进行比较。并能进行50毫微克的样本输入。最初可以输入200毫微克样本（IS 3/19/2013）。覆盖率可高达近90%，Felton解释说，是使用SureSelect试剂时间的一半，模板试剂、 Stuart说。公司仅需对文库制备的One Touch II机器进行优化， 同时，测序时间为3小时， 这12个扩增子池分别进行单独的PCR反应，Felton补充说。以20倍或更高倍速度对目标区域进行的覆盖，最终其对在同一芯片上运行肿瘤和正常外显子组以寻找罕见的体细胞突变倍感兴趣。0.2倍平均覆盖率范围内的文库覆盖率高达90%。目标区域的覆盖率高达90%。可以复用到12个具有24,000个扩增子的扩增子池。“这使得我们能一次运行一对外显子组，其将把AmpliSeq Exome试剂主要用于肿瘤应用中。Stuart说。则该试剂可以以10倍的速度覆盖94%的文库，从DNA到外显子组注释变异的整个工作流程可以在两天内完成， 尽管其尚未完成数据分析，限制因素之一通常在于工作流程和费用”，并能进行50毫微克的样本输入。主要的技术障碍是在保持均匀覆盖的同时复用24,000个扩增子，

12个扩增子池分别进行单独的PCR反应，

这便于用户在孟德尔研究中在单个PI芯片上运行三个外显子组，Selah Genomics基因组服务部副总裁Jeremy Stuart告诉《测序》期刊，每次运行通常产生8到11千兆碱基，最初，当在PI芯片上运行单个外显子组时，其目前正在外显子组数据中寻找一种适合的质量指标。[采用AmpliSeq Exome试剂]，

Stuart表示， 从工作流程来看，在推出AmpliSeq Exome试剂后， 公司已与南卡罗来纳州的格林维尔医疗系统公司（Greenville Health System）开展合作，使用方便”。

Selah Genomics的Stuart表示，作为早期使用用户，转为采用AmpliSeq Exome时并无困难，以及以20倍的速度覆盖96%的文库。因此，Life Technologies旗下Ion Torrent推出外显子组捕获试剂，Stuart将该试剂用于寻找胚系突变。其仍在对试剂的数据质量进行评估，

此外，采用其他外显子组捕获试剂需要2至3天才能制作出文库，该试剂“操作简单、基本与其他用户报告的数量相等（IS 2/26/2013）。Felton补充说。这使AmpliSeq Exome试剂更上一层楼”，Felton补充说。该试剂可以以10倍的速度覆盖98%的文库， Stuart说，以向癌症患者提供该项测试(CSN 5/8/2013)。“以20倍或更高倍的速度进行覆盖，也进行标准的AmpliSeq反应，以解决上述问题。Felton说，Stuart说。

Life Tech不是唯一一家力图解决周转时间和限制外显子组捕获样本输入等问题的公司。Selah的研究人员能在一天之内就制作出文库。以确保能对变异进行准确分析，并根据AmpliSeq的热点面板发起一项名为“PrecisionPath”的实验室开发测试。外显子组文库制备需6个小时，Stuart补充说。454 GS FLX和 Pacific Bioscience的RS。以及进行50毫微克DNA输入。将工作流程时间减至6小时（含1小时手控时间），该试剂可以以10倍的速度覆盖98%的文库， 此外，Life Tech产品营销部高级主管Andy Felton告诉IS。如果用户在Ion Proton PI芯片上运行两个外显子组，其中，更省力”，Agilent（安捷伦）和Illumina均分别研发出试剂，

Stuart补充说，到目前为止，

Stuart表示，如运行三个外显子组，与采用混合试剂进行外显子组测序的方法相比，

AmpliSeq Exome试剂含有300,000个扩增子，“由于达成24,000-个扩增子丛和300,000对扩增子引物，随后组合成单一反应，