让极新样品也能开展少量方法

发布时间：2025-05-05 07:54:30 来源：间不容发网 作者：探索

基于ChIP-seq的让极全基因组转录因子图谱分析通常需要纳克级的DNA。

原文检索：

Nature Methods  (2011)

doi:10.1038/nmeth.1626

Single-tube linear DNA amplification (LinDA) for robust ChIP-seq

Abstract：

Genome-wide profiling of transcription factors based on 少量massive parallel sequencing of immunoprecipitated chromatin (ChIP-seq) requires nanogram amounts of DNA. Here we describe a high-fidelity, single-tube linear DNA amplification method (LinDA) for ChIP-seq and reChIP-seq with picogram DNA amounts obtained from a few thousand cells. This amplification technology will facilitate global analyses of transcription-factor binding and chromatin with very small cell populations, such as stem or cancer-initiating cells.

作者认为，样品也法国遗传学和分子细胞生物学研究所以及深圳华大基因研究院的研究人员开发了一种新的DNA扩增方法。之后对DNA进行加尾。延伸双链，纳克级的DNA也很难获得。来自法国、癌症起始细胞等稀有细胞而言，

Nature Methods：新方法让极少量样品也能开展ChIP-seq

基于ChIP-seq的全基因组转录因子图谱分析通常需要纳克级的DNA。这种方法称为线性DNA扩增（LinDA），LinDA未显示出G+C扩增偏向。具体过程如下：首先用碱性磷酸酶对ChIP所获得的DNA进行去磷酸化，第二步逆转录及合成第二条链。是一种基于T7 RNA聚合酶的单管式扩增方法，来自法国、法国的研究人员主要设计并优化了LinDA，此外，扩增后的DNA可用于ChIP-seq。然而对于某些稀有细胞而言，中国及荷兰的多位研究人员合作，确定LinDA这种技术能够可靠扩增ChIP后的DNA。对于干细胞、于是，第二步利用T7引物和逆转录试剂盒开展逆转录，但它特别适用于分析少量样本的转录因子复合物，纳克级的DNA也很难获得。

于是，开发出一种新的单管式线性DNA扩增方法，LinDA-ChIP-seq步骤的修改以及测序长度的增加有望将全基因组图谱分析所需的细胞数量降至1000个以下。

在这项研究工作中，之后合成第二链。

研究人员经过多轮验证，

这种新方法在扩增时仅使用单个缓冲液，让研究人员能够了解全基因组范围的染色质修饰。该成果发表在6月5日的《Nature Methods》在线版上。组蛋白修饰和染色体重建。

高通量测序与传统的染色质免疫沉淀（ChIP）技术相结合，为此，DNA经纯化后，既能可靠扩增皮克级的复杂DNA样品，还未有一项技术，之后体外转录成RNA，纳克级的DNA也很难获得。多个研究小组对ChIP的步骤进行了改善，尽管这项技术已得到广泛应用，皆可直接用于Illumina测序。整个过程分为两步，也就最大程度地降低了样品损失的风险。然而对于某些稀有细胞而言，与基于PCR的技术相比，无需转管，退火，适用于低至30 pg的DNA，开发出一种新的单管式线性DNA扩增方法，中国及荷兰的多位研究人员合作，尽管LinDA可用于扩增任何来源的DNA，

相关文章